如果納稅人未能提供完整、真實(shí)的限售股原值憑證的，不能準(zhǔn)確計(jì)算限售股原值的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)一律按限售股轉(zhuǎn)讓收入的15%核定限售股原值及合理稅費(fèi)。
所便函[2010]5號(hào)第九條規(guī)定，在證券機(jī)構(gòu)技術(shù)和制度準(zhǔn)備完成前，對(duì)已經(jīng)形成的限售股，以股改復(fù)牌日收盤價(jià)或上市首日收盤價(jià)，作為計(jì)算限售股轉(zhuǎn)讓收入的依據(jù)。同時(shí)，按照股改復(fù)牌日收盤價(jià)或上市首日收盤價(jià)的15%統(tǒng)一確定限售股的原值和合理稅費(fèi)。登記結(jié)算公司以上述轉(zhuǎn)讓收入與原值和合理稅費(fèi)，計(jì)算出現(xiàn)有限售股的應(yīng)納稅所得額，按照20%的稅率計(jì)算應(yīng)扣繳稅款，待限售股股東轉(zhuǎn)讓時(shí)，將轉(zhuǎn)讓股數(shù)和應(yīng)扣繳稅款的信息發(fā)送給證券機(jī)構(gòu)，由證券機(jī)構(gòu)預(yù)扣預(yù)繳個(gè)人所得稅額。
納稅人按照實(shí)際轉(zhuǎn)讓收入和實(shí)際成本計(jì)算的應(yīng)納稅額，如果與證券機(jī)構(gòu)扣繳的稅額有差異的（實(shí)際轉(zhuǎn)讓收入、成本與收盤價(jià)、核定成本有差異），納稅人可以自證券機(jī)構(gòu)解繳稅款的次月1日起的3個(gè)月內(nèi)，向其開戶證券機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請(qǐng)稅款清算。
需要強(qiáng)調(diào)的是，納稅人申請(qǐng)清算時(shí)，應(yīng)按照收入與成本相匹配的原則計(jì)算應(yīng)納稅所得額。即，限售股轉(zhuǎn)讓收入必須按照實(shí)際轉(zhuǎn)讓收入計(jì)算，限售股原值按照實(shí)際成本計(jì)算；如果納稅人未能提供完整、真實(shí)的限售股原值憑證，不能正確計(jì)算限售股原值的，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)一律按限售股實(shí)際轉(zhuǎn)讓收入的15%核定限售股原值及合理稅費(fèi)。
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